植物在逆境响应过程中存在RNA介导的基因共表达调控网络

真核生物基因组可转录产生大量RNA。这些RNA包括编码蛋白质的mRNA和众多非编码RNA（ncRNA）。ncRNA大致可分为两大类：看家ncRNA（housekeeping ncRNA）和调控性ncRNA。看家ncRNA包括参与蛋白质合成的核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA），参与RNA剪接的snRNA和参与RNA修饰的snoRNA等；调控性RNA则包括介导RNA干扰的小RNA（sRNA，长度为20-30个核苷酸）和长非编码RNA（lncRNA，长度为>200个核苷酸）。lncRNA可从基因间区、内含子和蛋白编码基因的反义链产生，通过不同机制发挥不同功能。这些种类繁多、功能各异的RNA构成了丰富多彩的“现代RNA世界” (Modern RNA World)。

很多RNA与染色质相结合发挥调控功能。这些与染色质相互作用的RNA可通过招募RNA结合蛋白，作为支架帮助蛋白复合体的形成或促进染色质-染色质相互作用，调控染色质结构的形成和基因表达。

2021年10月14日，清华大学生命科学学院戚益军课题组在Nature Plants杂志在线发表了题为“Global profiling of RNA-chromatin interactions reveals co-regulatory gene expression networks in Arabidopsis”的研究论文，在全基因组水平系统分析了模式植物拟南芥中RNA-染色质的相互作用，发现植物在响应胁迫过程中形成由众多胁迫响应基因组成的互作网络，由此提出了以RNA-染色质互作为骨架的基因共表达调控网络的新概念。